MARK sekvence je postup provedení jednoho pozorování robotickým dalekohledem MARK. Postup je řízen buď splněním podmínek kroku nebo i překonáním časového okamžiku/vzdálenosti od naplánovaného času pozorování. Sekvence má 7 kroků. Pro bezpečnost a stabilitu systému je velmi důležitá podmínka, že při postupu do dalšího kroku je vždy znovu testováno splnění všech kroků předešlých. Změní-li se stav či podmínky a krok není splněn, vrací se řízení zpět k poslednímu kroku který splněn je. Pokus o průchod sekvencí je iniciován každých 10s. V posledním kroku se interval snižuje na 1s pro zpřesnění okamžiku začátku expozice.

1.	Pozorovací program
	Požadavkem na plánovací modul MFEse ověřuje, zda nedošlo ke změně pozorovacího programu. Je-li naplánován objekt pro pozorování, krok je splněn. Není-li ve frontě žádný objekt k pozorování, systém se uvádí do run-level=0 a krok splněn není.
2.	Aktuálnost STOP/GO dat
	Ověřuje se, zda je hodnota funkce STOP/GO generované programem MCM serveru Grab aktuální. Doba expirace je 1 minuta. Jsou-li neplatná, po serveru Grab žádána o aktualizace. V případě nadále neaktuálních dat (např. vlivem komunikační chyby nebo havárie Grab-u) se systém chová jak by hodnota funkce byla STOP - tj. systémy se nezapínají a pokud běžely provede se přechod do run-level=0.
3.	Pozorovací podmínky.
	Kontrola hodnoty STOP/GO funkce. Je-li hodnota STOP ukončí se činnost všech běžících zřízení. Při hodnotě GO je krok splněn.
4.	Start systému [čas do pozorování < 25 min]
	Je vyslán požadavek na přechod do run-level=5 tzn. zapnutí kamery a chlazení, zapnutí a ustavení dalekohledu, zapnutí a ustavení kopule.
5.	Zamiř na cíl [čas do pozorování < 10 min]
	Požadavek na přechod do run=level=7 tzn. otevření štěrbiny kopule nalezení pozorovaného objektu dalekohledem, otočení kopulí ve směru pozorování.
6.	Finální kontrola [čas do pozorování < 5 sec]
	Konečná kontrola všech parametrů potřebných pro pozorování. Krok splněn odpovídá-li pozice kopule, pozice dalekohledu, teplota kamery a všechny přístroje v provozu.
7.	Expozice [čas do pozorování <= 0]
	Zhotovení snímku objektu dle požadavků zadaných v databázi MFE.

Časy pro provedení jednotlivých kroků jsou pouze orientační a dají se změnit nastavením systému. Pokud se provádí řada pozorování bezprostředně za sebou, nechávají se všechna zařízení v činnosti. Pokud vše pracuje v mezích normálu pak průchod celou sekvencí může trvat řádově desítky sekund oproti 25 minutám při studeném startu.